Seperti mukim-mukim yang lain, komuniti Mukim Pekan Tutong diketuai oleh seorang penghulu. Walau bagaimanapun, pada masa ini jawatan tersebut adalah kosong.[1]

Secara rasminya kawasan Mukim Pekan Tutong dibahagi kepada dua belas kampung, iaitu pembahagian pentadbiran ketiga dan yang di bawah sekali selepas daerah dan mukim. Kampung-kampung tersebut ialah:[3]

• Bukit Bendera
• Kampung Kandang
• Kampung Kuala Tutong
• Kampung Panchor Dulit
• Kampung Panchor Papan
• Kampung Penabai
• Kampung Penanjong
• Kampung Petani
• Kampung Sengkarai
• Kampung Serambangun
• Kampung Tanah Burok
• Paya Pekan Tutong

Walau bagaimanapun, hanya terdapat empat komuniti kampung seperti yang disenaraikan oleh Jabatan Daerah Tutong,[4] yang mana setiap komuniti ini mempunyai ketua kampung sebagai ketua komuniti. Sengkarai dan Penanjong mempunyai seorang ketua kampung setiapnya, manakala Penabai dan Kuala Tutong berkongsi seorang ketua kampung.[1] Panchor Dulit dan Panchor Papan juga berkongsi seorang ketua kampung.[1] Penduduk yang tinggal di kampung-kampung yang tidak mempunyai ketua kampung boleh merujuk kepada yang ketua bagi kampung yang berjiran.

Mukim ini juga merangkumi Pekan Tutong, iaitu pusat pentadbiran dan satu-satunya pekan di Daerah Tutong. Walau bagaimanapun, Pekan Tutong ialah kawasan bandaran yang mana ianya di luar hierarki pembahagian pentadbiran. Namun begitu, kawasan tersebut bertindih dengan kawasan kampung; Pekan Tutong secara rasmi merangkumi sebahagian kawasan Bukit Bendera dan Kampung Petani.[5]